Aide mémoire informatique

Version linux dans les labos

Mandriva ONE 2009.0

Documentation Fortran et BASH

Nous utilisons principalement deux langages de programmation pour ce projet soient:

le fortran pour le calcul intensif
le bash pour la gestion des taches de calcul et pour l'accès aux diverses fonctionnalités graphiques de galileo (comme la génération des animations)

Voici les manuels de ces deux langages:

Connexion à distance

Pour travailler de la maison, vous devez soit installer linux sur votre pc en «dual boot» (ce qui permet de conserver windows) ou simplement utiliser le cd MANDRIVA ONE sans l'installer en démarrant sur celui-ci.
Se connecter sur mammouth: ssh nom_usager_mammouth@graphycs-ms.ccs.usherbrooke.ca
Se connecter sur galileo: ssh nom_usager_galileo@galileo.graphycs.cegepsherbrooke.qc.ca (à partir de mammouth seulement)
Votre usager et mot de passe sont les mêmes que sur le wiki. L'usager est soit equipe1 ou equipe4

Par où commencer

Vous connecter sur une machine dans le labo graphycs
1. usager: equipe1 ou equipe4
2. mot de passe (le même que pour le wiki)
Ouvrir le programme konsole (la fenêtre noire)
Vous connecter sur le noeud interactif (galileo)
1. ssh equipe1@galileo ou ssh equipe4@galileo
Enregistrer localement les programmes pertinents à partir du rapport de Julien et Alexandra
Ouvrir les programmes avec kwrite si vous comptez les étudier ou les modifier
Enregistrer localement le script suivant sous le nom tache.bash
- #!/bin/bash
  ./galaxie.exe
  
  [$[Get Code]]
Ouvrir une autre konsole et s'en servir pour transferer les programmes et autres fichiers vers galileo
1. scp ./nom_du_fichier equipe1@galileo:
Sur galileo, compiler votre programme
1. p.ex.: g77 galaxie.f -o galaxie.exe
Sur galileo, lancer une tâche de calcul
1. qsub tache.bash
Lorsque la tâche est terminée, archiver les résultats pour analyse ultérieure
1. mkdir archives
2. mkdir archives/un_nom_representatif_de_votre_experience
3. mv ci.txt archives/un_nom_representatif_de_votre_experience
4. mv cf.txt archives/un_nom_representatif_de_votre_experience
5. mv vecteur*.txt archives/un_nom_representatif_de_votre_experience

Observer les taches de calcul

qstat
qstat -f (plus de détails)

Tuer une taches de calcul

qdel numero_de_tache

Observer la charge générale de la grappe galileo

Entrer dans le navigateur web http://galileo (fonctionne dans le labo seulement)

Compiler un programme fortran

g77 nom_programme.f -o nom_executable

gfortran nom_programme.f -o nom_executable

Gabarit de programme fortran

c ceci est un programme fortran qui ne fait rien
c l objectif est de simplement donner un gabarit general
c d un programme fortran
c
c Choses a savoir: ne pas utiliser les accents et eviter les apostrophes
c ecrire entre la colonne 7 et 72 inclusivement
c colonne 1 reservee pour le c des commentaires
c colonne 2-5 pour un numero de ligne
c colonne 6 pour le caractere de continuation de ligne
c
c ------
c nom du programme (nous avons ici choisi de le nommer bidon.f
program bidon
c ------
c declaration des variables
c il faut nommer ici toutes les variables utilisee selon leur type
c dans cet exemple, la variable nom sera un mot de 30 caracteres
real x,y
integer a,b,c
character*30 nom
c ------
c initialisation des variables
c attribuer des valeurs de depart au variables
x=0.
y=1.
a=3
b=0
c=6
character='toto'
c ------
c Entree des donnees
c un mode interactif ou automatique est possible ou une combinaison des deux
c en interactif, une reponse au clavier sera demandee, en automatique les infos
c seront tirees d un fichier sur le disque dur
print*,'Quel est le nom du fichier d entree?'
read(*,*) nom
open(unit=1,file=nom,status='old')
read(1,*) x,y
read(1,*) a,b,c
close(unit=1)
c ------
c debut des operations de traitement
c
y=real(a)*x**2.+real(b)*x+real(c)+y
c ------
c sortie des donnees
c
open(unit=2,file='sortie.txt',status='unknown')
write(2,*) 'Nouvelles valeurs de x et y'
write(2,*) 'x=',x
write(2,*) 'y=',y
close(unit=2)
c ------
c fin du programme
stop
end

[$[Get Code]]

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