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Rocks-clusterInstallation et configuration d'un cluster linuxLe document ci-dessous concerne un cluster Rocks Documentation rocks 5.4.3http://www.rocksclusters.org/roll-documentation/base/5.4.3 Notes
rocks sync users Faire su nom_usager entrer la passphrase et le compte sera transfere sur /home/nom_usager Pour les compute, il est possible qu'il soit necessaire de se logger au moins une fois sur un noeud via ssh? A vérifier! Utilisation du cluster
qsub zenithvsrdiff_remote.csh -l walltime=100:00:00 Exemple de code de lancement#!/bin/csh # request 15 hours and 30 minutes of cpu time #PBS -l cput=15:30:00 # mail is sent to you when the job starts and when it terminates or aborts #PBS -m bea # specify your email address #PBS -M aubema@gmail.com # By default, PBS scripts execute in your home directory, not the # directory from which they were submitted. The following line # places you in the directory from which the job was submitted. # cd $PBS_O_WORKDIR cd /home/aubema/Luminance_vs_tau set i=0 foreach n (0.01 0.02 0.04 0.08 0.12 0.16 0.20 0.25 0.30 0.40 0.50 0.75 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 4.00 6.00 8.00) @ i= $i + 1 sed -e "s/0\.0000/${n}/g" illumina.in_initial > illumina.in /home/aubema/illumina/trunk/bin/illumina cp test1.out test1_$n.out end Installer des programmes
yum list available \*g77
yum install compat-gcc-34-g77.i386 Mammouthgraphycs-ms.ccs.usherbrooke.ca Remplacer un noeud (fonctionne sur galileo)rocks remove host compute-0-20 rocks sync config insert-ethers --hostname compute-0-20 Enlever un noeudCette procédure fonctionne très bien pour retirer des noeuds et ensuite recommencer leur détection/installation avec insert-ethers rocks remove host compute-0-20 rocks sync config Ensuite choisir compute et F10 Installer un noeud en particulierinsert-ethers --hostname compute-0-18 État de noeudsrocks report host Création de comptes sur galileoSous root faire /usr/sbin/useradd nom_usager rocks sync users Ensuite il faut se logger sur le compte pour que le home devienne /home/nom_usager Adaptation du clusterhttp://blogs.sun.com/melvinkoh/entry/rocks_cluster_customization_part_1 Configurations de galileo
Executer une commande sur tous les noeuds computerocks run host compute "shutdown -r now" |